Des virus améliorés par Crispr sont déployés contre les infections urinaires (UTIs)

La thérapie de Locus est en réalité un cocktail de six bactériophages. L’entreprise a utilisé l’intelligence artificielle pour prédire une combinaison qui serait efficace contre E. coli. Trois des bactériophages sont « lytiques », c’est-à-dire qu’ils fonctionnent en infectant les cellules d’E. coli et en les faisant éclater. Les trois autres sont conçus pour contenir Crispr afin d’améliorer leur efficacité. Une fois à l’intérieur de leurs cellules cibles, ces bactériophages utilisent le système Crispr pour cibler un site crucial dans le génome de l’E. coli et commencer à dégrader l’ADN de la bactérie.

Certains bactériophages sont vraiment bons pour pénétrer dans les cellules bactériennes mais moins efficaces pour les tuer. « C’est là que l’édition de gènes intervient », explique Paul Garofolo, PDG de Locus. Il indique que la thérapie vise à « pénétrer dans le corps humain et à éliminer une espèce bactérienne ciblée sans toucher à rien d’autre ».

Lors d’un essai de phase 2, 16 femmes ont reçu un traitement de trois jours avec le cocktail de bactériophages, accompagné de Bactrim, un antibiotique couramment prescrit pour les infections urinaires. Dans les quatre heures suivant le premier traitement, les niveaux d’E. coli dans l’urine ont rapidement diminué et sont restés stables jusqu’à la fin de la période d’étude de 10 jours. À ce moment-là, les symptômes d’infection urinaire chez toutes les participantes s’étaient dissipés et les niveaux d’E. coli étaient suffisamment bas chez 14 des 16 femmes pour être considérées comme guéries.

Ces résultats ont été publiés le 9 août dans la revue « The Lancet Infectious Diseases ». L’Autorité pour la recherche et le développement avancés en biologie, ou BARDA, partie du Département américain de la Santé et des Services Sociaux, participe au développement de la thérapie.

Les infections urinaires sont incroyablement courantes, près de la moitié des femmes en auront une au cours de leur vie. Plus de 80% des infections sont causées par E. coli, et dans un rapport de 2022, l’Organisation Mondiale de la Santé a constaté qu’une infection sur cinq à E. coli montrait une sensibilité réduite aux antibiotiques standards comme l’ampicilline, le co-trimoxazole et les fluoroquinolones.

Bien que la thérapie par bactériophages soit courante en République de Géorgie et en Pologne, elle n’est pas autorisée aux États-Unis. Cependant, elle est utilisée de manière expérimentale dans certains cas avec l’autorisation de la Food and Drug Administration américaine. Un défi majeur pour la commercialisation de la thérapie par bactériophages est qu’elle est souvent personnalisée pour chaque patient, ce qui la rend difficile à mettre à l’échelle. Trouver le bon bactériophage pour le traitement peut prendre du temps, et ensuite des lots de bactériophages doivent être cultivés et purifiés. Mais l’utilisation d’un cocktail fixe comme celui de Locus pourrait signifier que la thérapie pourrait être plus facilement mise à l’échelle.

Et il y a un autre avantage potentiel. « Les bactériophages améliorés par Crispr permettent la dégradation du génome bactérien et contourneraient plusieurs mécanismes par lesquels les bactéries peuvent devenir résistantes aux bactériophages », explique Saima Aslam, professeure de médecine à l’Université de Californie, San Diego, qui étudie les bactériophages mais n’est pas impliquée dans le développement de la thérapie de Locus. « Théoriquement, cela pourrait empêcher la reconstitution de bactéries résistantes aux bactériophages et donc mener à un traitement plus efficace. »